Die dritte Mendel'sche Regel wird auch Unabhängigkeitsregel genannt. Sie besagt: "Kreuzt man Lebewesen einer Art, die sich in mehreren Merkmalen voneinander unterscheiden, so werden die einzelnen Allele bei der Keimzellenbildung unabhängig voneinander verteilt. In der 2. Filialgeneration treten neben den Merkmalskombinationen der Parentalgeneration auch neue Merkmalskombinationen auf."